L'IFREI a pour finalité la prévention des risques, qu'ils soient d'origine accidentelle ou intentionnelle, et la réduction des conflictualités. L'IFREI développe et diffuse la méthodologie cindynique, qui a pour particularité de replacer l'humain au cœur des problématiques de danger et de prévention : au-delà des aspects techniques, l'approche cindynique de la prévention est avant tout organisationnelle, basée sur une pensée stratégique, et orientée vers l'efficience opérationnelle.
Historiquement, l'IFREI s'est initialement consacré aux risques immatériels, et en particulier aux risques émergeant avec le développement des nouvelles technologies, des sociétés de l'information ou du "cyberespace", aujourd'hui en cours de militarisation. L'approche cindynique, focalisée sur les aspects organisationnels, était particulièrement adaptée au domaine des risques immatériels. L'IFREI a été amené à prolonger les modélisations cindyniques de façon à spécifiquement prendre en compte les situations conflictuelles : cela a permis de compléter les notions de résilience et de réduction des vulnérabilités par les notions de phénomènes de friction et de réduction des conflictualités.
Ces évolutions mènent à étendre les domaines d'utilisation des Cindyniques au-delà du strict domaine de la prévention des risques : la modélisation rigoureuse de la notion de conflictualité permet la mise en œuvre de la méthodologie cindynique dans le domaine de la prévention des conflits et de la réduction des conflicitualités. Par ailleurs la notion de conflictualité recouvre en pratique un continuum, dont font partie les conflictualités et divergences faibles, qui dégradent l'efficience des actions de développement. La méthodologie cindynique est donc doublement utile au développement : d'une part parce qu'elle permet de prévenir les dommages humains ou environnementaux trop souvent associés aux actions de développement, et d'autre part par sa capacité à réduire les phénomènes de friction et à permettre des gains d'efficience opérationnelle.
Après une première phase principalement consacrée au développement méthodologique et à l'évolution des modélisations, l'IFREI s'implique maintenant dans la diffusion de la méthodologie cindynique et le renforcement des capacités de prévention en Afrique subsaharienne, où l'espérance de vie est la plus faible au monde.